检察机关应充分尊重有关行政机关在海洋自然资源和生态环境公益保护领域的履职优先地位，积极发挥检察职能，支持有关行政机关提起海洋自然资源和生态环境损害赔偿诉讼。若海洋监管部门未及时提起损害赔偿诉讼的，检察机关可以督促其依法起诉，经督促仍未提起诉讼的，可以自行提起海洋民事检察公益诉讼。
原则上，针对同一海洋污染环境、破坏生态行为分别提起自然资源和生态环境损害赔偿诉讼、海洋环境民事公益诉讼的，由同一审判组织先行审理生态环境损害赔偿诉讼案件，之后再审理公益诉讼案件中未被前案涵盖的诉讼请求。
当前，我国海洋生态系统正承载着来自陆海的双重污染和开发压力，近海污染、非法捕捞、违法违规围海填海、海上石油泄漏等问题仍然存在。海洋环境保护法第89条第2款明确规定，海洋环境监管部门有权代表国家，对破坏海洋生态、海洋水产资源、海洋保护区给国家造成重大损失的责任者，提出损害赔偿诉讼。2017年7月，检察公益诉讼制度正式确立，特别是2019年2月最高检部署开展“守护海洋”检察公益诉讼专项监督活动以来，沿海各省检察机关积极发挥公益诉讼检察职能，围绕入海排污口设置不规范、陆源污染防治力度不够、海上污染防控措施执行不到位、海洋生态保护与修复工作相对滞后、海洋环境监督管理制度落实不到位等监督重点，办理了一批有影响力的典型公益诉讼检察案件。
诚如最高检第八检察厅负责人就专项活动典型案例发布答记者问时所言，海洋公益诉讼检察业务框架已基本搭建完成，形成了公益诉讼检察在海洋生态环境和资源保护中的治理价值。为深入贯彻落实习近平法治思想、生态文明思想，服务打好污染防治攻坚战和海洋强国战略实施，进一步激发行政机关、检察机关在保护海洋环境和自然资源方面的合力，有必要认真分析、科学界定海洋生态环境损害赔偿制度与海洋公益诉讼检察的定位和关系。
在性质上，海洋环境保护法第89条第2款规定的海洋环境损害赔偿制度，是政府及其指定的部门或者机构基于国家对海洋自然资源的所有权以及海洋生态环境的监管权而提起的一种填补损害的诉讼。究其本质，海洋环境损害赔偿制度是有关行政机关针对海洋自然资源和生态环境严重受损的特殊情形，在传统执法手段之外，以诉的形式行使海洋监管职权的一种方式。因其所保护的海洋自然资源和生态环境利益属于国家利益、社会公共利益，且胜诉结果由国家和全体人民共享，契合公益诉讼的特性，因此，海洋环境保护法第89条第2款规定的诉讼属于公益诉讼类型。
具体而言，海洋环境保护法第89条第2款涉及两类海洋权益保护和救济机制：海洋自然资源损害赔偿诉讼和海洋生态环境损害赔偿诉讼。在我国，自然资源包括国家所有和集体所有。自然资源资产管理机关和集体经济组织可分别基于自然资源国家所有权和集体所有权而提起自然资源损害赔偿诉讼。海洋自然资源归属国家所有，故海洋环境保护法第89条第2款明确规定，针对海洋水产资源等自然资源造成重大损失的，由有关行政机关代表国家提起海洋自然资源损害赔偿诉讼。
而海洋生态环境损害赔偿诉讼的宗旨和核心在于对海洋生态环境损害进行赔偿，不在于对该海洋生态环境上的财产价值（自然资源要素）进行损害赔偿。但鉴于生态环境通常具有同体性、关联性等自然规律，基于海洋生态环境监管权提起的生态环境损害赔偿诉讼往往兼有救济海洋自然资源权益的辅助和附带功能。在海洋生态环境损害赔偿诉讼中，针对污染海洋环境或者破坏海洋生态的违法行为，负有海洋环境监管职责的部门应当责令违法行为人修复受损的海洋生态环境；违法行为人不能修复受损的海洋生态环境时，可由政府或第三人代为修复，海洋环境监管部门责令违法行为人赔偿代为修复的海洋生态环境修复费用，包括环境事件应急处置费用、污染物质清除费用、生态环境修复费用等；海洋生态环境损害无法修复或者已无修复必要的，责令违法行为人进行损害赔偿。鉴于生态环境损害赔偿具有一定的争讼性如赔偿费用的合理确定，海洋环境监管部门可先与违法行为人进行磋商，经磋商达成赔偿协议的，当事人可以向法院申请司法确认；磋商不成或者无法进行磋商的，海洋环境监管部门可以向法院提起海洋生态环境损害赔偿诉讼。
检察机关作为宪法规定的法律监督机关，作为公益代表人，基于法律的明确授权，通过提起检察公益诉讼，在保护海洋自然资源和生态环境权益方面发挥最后的屏障作用。“从公益性诉讼实施权配置的角度来分析，无论是社会组织还是检察机关，其提起民事公益诉讼均不在于维护其自身合法权益，前者动员社会资源维护社会公共利益，后者利用公共资源维护社会公共利益。”此外，检察机关依法提起海洋公益诉讼也更加符合海洋环境保护法的立法目的。根据海洋环境保护法第1条和第4条的规定，海洋环境保护立法旨在保护和改善海洋环境，保护海洋资源，防止污染损害，维护生态平衡，保障人体健康，促进经济和社会可持续发展。任何社会主体都有保护海洋环境的义务，并有权对污染损害海洋环境的违法行为以及海洋环境监督管理人员的违法失职行为进行监督。从海洋环境保护的实践发展看，海洋自然资源和生态环境的有效保护，既需要立法机关、行政机关、检察机关、审判机关、环境保护组织以及企业、公众等主体的共同参与和多元治理，又需要谨慎对待国家海洋主权保护以及平衡海洋司法维权的限度。
在海洋环境损害赔偿制度与海洋公益诉讼检察的衔接方面，基于海洋监管部门代表国家行使海洋自然资源的所有权以及海洋生态环境的监管权，且其在日常工作中积累了大量有关海洋环境的调查、监测、监视、评价和研究等工作经验，同时拥有海洋环境保护方面的专业设备和专门人才，检察机关应充分尊重有关行政机关在海洋自然资源和生态环境公益保护领域的履职优先地位，积极发挥检察职能，支持有关行政机关提起海洋自然资源和生态环境损害赔偿诉讼。若海洋监管部门未及时提起损害赔偿诉讼的，检察机关可以督促其依法起诉，经督促仍未提起诉讼的，可以自行提起海洋民事检察公益诉讼。例如，山东省威海市检察院在履职中发现胡某、徐某等人非法捕捞水产品严重破坏海洋自然资源和生态环境，损害了社会公共利益。威海市检察院主动与威海市海洋发展局沟通，督促其依职责提起诉讼。随后，威海市海洋发展局函请检察机关支持起诉。威海市检察院遂将相关证据材料移交威海市海洋发展局，并支持该局向法院提起损害赔偿诉讼。
法院对海洋自然资源和生态环境损害赔偿诉讼案件的受理，不影响适格主体提起海洋民事公益诉讼。原则上，针对同一海洋污染环境、破坏生态行为分别提起自然资源和生态环境损害赔偿诉讼、海洋环境民事公益诉讼的，由同一审判组织先行审理生态环境损害赔偿诉讼案件，之后再审理公益诉讼案件中未被前案涵盖的诉讼请求。
